安徽工程勘察院成立于1986年,由安徽省地質礦產局第二水文隊三分隊組建成立,早期名稱為安徽地質工程公司,主營工程地質勘察、水文地質勘察、水井施工。
1990年機構調整,整體劃為安徽省地礦局直屬事業單位(正處級),并經原地礦部批準更名為地礦部安徽工程勘察院,取得建設部工程勘察甲級資質。
1997年,因戰略性結構調整,地礦部安徽工程勘察院與327地質隊等五個處級單位合并組建新的327地質隊,同時保留安徽工程勘察院番號。
2002年,取得住建部工程勘察綜合類甲級資質。
2021年9月公司更名為安徽工程勘察院有限公司。